Solute Carrier Family

Geert Kaufmann Juli 26, 2016 S 0 0
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Die solute carrier Gruppe von Membrantransportproteine ​​gehören über 300 Mitglieder in 52 Familien organisiert. Die meisten Mitglieder der SLC-Gruppe sind in der Zellmembran. Die SLC-Gen Nomenklatur-System wurde ursprünglich von der HUGO Gene Nomenclature Committee vorgeschlagen und ist die Grundlage für den offiziellen HGNC Namen der Gene, die diese Transporter kodieren. Eine allgemeinere Transmembrantransporter Klassifizierung kann in TCDB Datenbestand vorhanden.

Gelöste Stoffe, die durch die verschiedenen SLC Gruppenmitglieder transportiert werden, sind außerordentlich vielfältig und umfassen sowohl geladene als auch ungeladene organische Moleküle als auch anorganische Ionen und das Gas Ammoniak ist.

Als typische von integralen Membranproteinen ist, SLCs enthalten eine Reihe von hydrophoben Trans alpha-Helices, die miteinander durch hydrophile intra- und extrazelluläre Schleifen verbunden sind. In Abhängigkeit von der SLC sind diese Transporter Funktions entweder als Monomere oder verpflichten Homo- oder Hetero-Oligomere.

Umfang

Gemäß der Konvention der Nomenklatur-System, die Mitglieder innerhalb einer einzelnen SLC Familie haben mehr als 20-25% Sequenzhomologie zueinander. Im Gegensatz dazu ist die Homologie zwischen SLC Familien sehr gering bis nicht existent. Daher sind die Kriterien für die Aufnahme einer Familie in das SLC-Gruppe ist nicht evolutionäre Verwandtschaft zu anderen SLC Familien, sondern funktional.

Die SLC-Gruppe schließen Beispiele von Transportproteinen, die:

  • facilitative Transporter
  • Sekundär aktiven Transportern

Die SLC-Serie umfasst nicht Mitglieder der Transportproteinfamilien, die zuvor von anderen weithin akzeptierten Nomenklatur Systeme einschließlich eingestuft wurden:

  • primäre aktive Transporter wie ABC-Transporter durch Kopplung Transport zu einer Freisetzung von Energie Ereignis wie die ATP-Hydrolyse
  • Ionenkanäle
  • Aquaporine

Subzelluläre Verteilung

Die meisten Mitglieder der SLC-Gruppe sind in der Zellmembran, aber einige Mitglieder werden in Mitochondrien oder andere intrazelluläre Organellen.

Nomenklatursystem

Namen der einzelnen SLC-Mitglieder haben das folgende Format:

  • SLCnXm

woher:

  • SLC ist die Root-Name
  • n = eine ganze Zahl, die eine Familie
  • X = ein einzelner Buchstabe bezeichnet eine Unterfamilie
  • m = eine ganze Zahl, die eine einzelne Familienmitglied.

Zum Beispiel SLC1A1 ist das erste Isoform der Unterfamilie A des SLC Familie 1.

Eine Ausnahme tritt mit SLC Familie 21, die aus historischen Gründen haben Namen im Format SLCOnXm n = Familiennummer, X = Familie Brief und m = Mitgliedsnummer.

Während die HGNC Nomenklatursystem per Definition umfasst nur menschliche Gene wurde die Nomenklatur-System erweitert, um informell Nagetieren durch die Verwendung von Kleinbuchstaben.

Familien

  •  hochaffiner Glutamat und neutrale Aminosäuretransporter
  •  facilitative GLUT-Transporter
  •  schweren Untereinheiten des heterodimeren Aminosäuretransporter
  •  Bicarbonat-Transporter
  •  Natrium-Glucose-Cotransporter
  •  Natrium- und Chloridabhängigen Natrium: Neurotransmitter Symporter
  •  kationische Aminosäuretransporter / Glykoprotein-assoziierten
    • kationische Aminosäuretransporter
    • Glykoprotein-assoziierten / Licht oder katalytischen Untereinheiten der heterodimeren Aminosäuretransporter
  •  Na + / Ca2 + Tauscher
  •  Na + / H + Austauscher
  •  Natrium-Gallensalz cotransport
  •  Protonen-gekoppelten Metallionentransporter
  •  elektroneutralen Kationen Cl Cotransporters
  •  Na + -sulfat / Carboxylat-Cotransporter
  •  Harnstoff-Transporter
  •  Protonen Oligopeptid Cotransporters
  •  Monocarboxylat Transporter
  •  vesikulären Glutamattransporter
  •  vesikulären Amintransporter
  •  Folat / Thiamin-Transporter
  •  Typ-III-phosphat Na + Cotransporters
  •  organische Anionen transportier
    • Unterfamilie 1
    • Unterfamilie 2
    • Unterfamilie 3
    • Unterfamilie 4
    • Unterfamilie 5
    • Unterfamilie 6
  •  organische Kation / Anion / Zwitterion Transporter
  •  Na + -abhängigen Ascorbinsäure Transporter
  •  Na + / Tauscher
  •  mitochondriale Träger
  •  multifunktionale Anionenaustauscher
  •  Fettsäuretransportproteine
  •  Na + -gekoppelten Nukleosid-Transport
  •  facilitative Nukleosid-Transporter
  •  Zinkauslauf
  •  Kupfertransporter
  •  vesikulären hemmende Aminosäuretransporter
  •  Acetyl-CoA-Transporter
  •  Typ-II-Na + -Phosphat Cotransporters
  •  Nukleosid-Zucker-Transporter
    • Unterfamilie A
    • Unterfamilie B
    • Unterfamilie C
    • Unterfamilie D
    • Unterfamilie E
    • Unterfamilie F
    • Unterfamilie G
  •  protonengekoppelten Aminosäuretransporter
  •  Zuckerphosphat / Phosphat Tauscher
  •  System A & amp; N, Natrium-gekoppelten neutrale Aminosäuretransporter
  •  Metallionentransporter
  •  basolateralen Eisen-Transporter
  •  MgTe artige Magnesiumtransporter
  •  Ammoniak-Transporter
  •  Na + -unabhängigen, System-L wie Aminosäuretransporter
  •  Cholin-like-Transporter
  •  Mutmaßliche Zucker-Transporter
  •  Folate Transporter
  •  Multidrug und Toxinextrusions
  •  Häm-Transporter
  •  Transporter der wichtigsten Vermittler-Superfamilie
  •  Zucker Efflux-Transporter des süßen Familie
  •  Transporter von Steroid abgeleitete Moleküle
  •  Riboflavin Transporterfamilie RFVT / SLC52
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